Indirekte Kosten (Overheads, Gemeinkosten) sind jene Kosten, die nicht unmittelbar dem Projekt zugerechnet werden können. Sie entstehen jedoch in Zusammenhang mit den direkten Projektkosten. Diese Kosten sind alle Struktur- und Begleitkosten der Organisation. Die indirekten Kosten eines EU-Projektes sind dann erstattungsfähig, wenn diese tatsächlich der Projektteilnehmerorganisation während der Projektlaufzeit entstanden und im Einklang mit deren üblichen Buchführungsgrundsätzen sind.
Indirekte Kosten sind zB. Mieten, Abschreibungen für Anlagen, Wasser/Gas/Strom, Büromaterial und -ausstattung sowie Telekommunikations- und Anschlusskosten.

Methoden der Berechnung der indirekten Kosten
Im Zuge der Antragerstellung ist es für die Berechnung der Kosten essentiell zu wissen wie alle Partner ihre indirekten Kosten berechnen. Die Wahl der richtigen Berechnungsmethode hängt vom rechtlichen Status der Organisation, vom Buchführungssystem und den in der Vergangenheit gewählten Berechnungsmethoden ab. Im 7. Rahmenprogramm können Organisationen ihre tatsächlichen direkten und indirekten Kosten abrechnen.
Sofern ein Partner ein analytisches Buchführungssystem besitzt (zB. ein SAP-System), das die erstattungsfähigen indirekten Kosten exakt auf das Projekt herunterbrechen kann, kann dieser die tatsächlichen indirekten Kosten abrechnen.
Sofern eine Organisation ihre indirekten Kosten nicht auf detaillierten Ebenen (Zentrale, Abteilung) jedoch auf Ebene der Rechtsperson zusammenfassen kann, ist es möglich mit der vereinfachten Methode („simplified method“) abzurechnen. Der vereinfachte Ansatz muss auf tatsächlichen Kosten basieren, die aus den Abrechnungen des letzten abgeschlossenen Geschäftsjahres stammen.
Optional können sich alle Organisationen dafür entscheiden, ihre indirekten Kosten mittels Pauschalsumme iHv 20 % der direkten Kosten anzugeben (sofern sie nicht schon in einem früheren Projekt die tatsächlichen indirekten Kosten abgerechnet haben).
Für einige Organisationstypen ist ein spezieller Pauschalsatz von 60 % der direkten Kosten möglich („transitional flat rate“). Dies sind öffentliche gemeinnützige Organisationen, Forschungseinrichtungen, höhere Bildungseinrichtungen und KMU (Kleinstunternehmen sowie kleine und mittlere Unternehmen).
Diese Organisationen dürfen den Pauschalsatz von 60 % anwenden, sofern sie:
- ein Forschungsprojekt (kein CSA) im Rahmen der Spezifischen Programme "Zusammenarbeit" und "Kapazitäten" (z.B. Forschung zugunsten spezieller Gruppen – KMU) durchführen, und
- sofern sie nicht in der Lage sind ihre tatsächlichen indirekten Projektkosten mit Sicherheit festzustellen.

Die Wahl der richtigen Berechnungsmethode wird in nachfolgender Tabelle illustriert:

Pro Organisation darf nur eine Berechnungsmethode angewendet werden. Diese Methode wird in der Unique Registration Facility (URF) als Teil der Rechtspersonendaten abgespeichert und bei jeder Neueinreichung verwendet.

Ausnahmeregelung der Berechnungsmethode der indirekten Kosten
Sofern aber eine Abteilung des Fördernehmers ein genaueres Buchhaltungssystem besitzt als die gesamte Organisation, können diese zwei verschiedene Berechnungsmethoden verwenden. Voraussetzung dafür ist die Anwendung einer Pauschalrate (2.a) oder 2.b)). Die Abteilung, die ein genaueres System besitzt, kann nur Methode 1.a), Berechnung der realen indirekten Kosten, wählen.
Die zweite Kostenberechnungsmethode einer Organisation scheint nicht in der Unique Registration Facility (URF) auf und muss daher während der Vertragsverhandlungen der zuständigen Stelle für das Grant Agreement (GA) mitgeteilt werden, um die Kostenberechnungsmethode mit der Spezialklausel Nr. 30 in das GA aufnehmen zu können.

Erstattung der indirekten Kosten für CSA: Maximal 7 % der indirekten Kosten
Bei Koordinierungs- und Unterstützungsmaßnahmen (Coordination and Support Actions – CSA) werden den Konsortialpartnern die indirekten Kosten in der Höhe von maximal 7 % der direkten erstattungsfähigen Kosten erstattet.