Das Final Payment wird von der EU-Kommission bis 90 Tage nach Erhalt der Berichte und Deliverables der letzten Berichtsperiode überwiesen. In der Praxis kann es dabei wie bei den Interim Payments zu Verzögerungen kommen.
Nach Projektende erhält der Koordinator auch jene fünf Prozent der maximalen EU-Förderung zurück, die zu Projektbeginn an den Garantiefonds überwiesen wurden.

Der Koordinator hat den übrigen Projektteilnehmern ihren Anteil am Final Payment ohne unbegründete Verzögerung weiterzuleiten. Dabei sind die Bestimmungen des Grant Agreement und des Konsortialvertrages einzuhalten.

Im Konsortialvertrag ist üblicherweise geregelt, dass jeder Partner maximal so viel Geld erhält, wie ihm nach der aktuellen Fassung des Projektbudgets  zusteht. Dieser Anteil entspricht nicht unbedingt dem Budget im Grant Agreement, da Budgetumschichtungen oft auch ohne Amendment zulässig sind.

Ist nach der Verteilung entsprechend den budgetierten Kosten noch ein Teil des Final Payment übrig, kann dieses Geld unter jenen Partnern aufgeteilt werden, die mehr verbraucht haben als budgetiert. Dafür ist in den meisten Fällen ein Beschluss jenes Gremiums notwendig, das im Konsortium für Budgetänderungen zuständig ist.

Es ist auch möglich, im Konsortialvertrag zu vereinbaren, wie ein allfälliger Überschuss konkret zu verteilen ist. Folgender unverbindlicher Vorschlag sowie ein passendes Berechnungstool (unter „Downloads“ verfügbar) wurden uns von der Salzburg Research Forschungsgesellschaft zur Verfügung gestellt:

A Party that spends more than its allocated share of the budget as set out in the Consortium Plan will be funded as follows:

1. Funding in accordance with its duly eligible costs up to their allocated share of budget will be reimbursed in full.
    
2. Funding in accordance with its duly eligible costs exceeding the allocated share of budget will be reimbursed proportionally on condition that such funds are available at the end of the project (e.g. budget not spent by other partners).
   
   Such reimbursement will be calculated as follows:
    
   1. If the total amount of budget overspending is lower than the total amount of budget not spent the individual budget overspendings will be funded in full.
   2. If the total amount of budget overspending exceeds the total amount of budget not spent the redistribution will be calculated using the following formula:
      Total amount of budget not spent / total amount of budget overspending = percentage of individual budget overspending that will be paid to partner.
      Any other mode of calculation requires a majority decision of the General Assembly.