Stellt ein/e AuditorIn fest, dass ein Förderungsempfänger Zahlungen für nicht erstattungsfähige Kosten empfangen hat, so leitet die Europäische Kommission von sich aus die nötigen Schritte ein ("negative Anpassung"). Der Ausgleich kann entweder mit der nächsten Zahlung der Kommission oder über eine Rückforderung erfolgen. Darüber hinaus können die Erkenntnisse des Audits mittels „Extrapolation“ auf alle anderen Projekte der selben Organisation ausgeweitet werden, wenn der/die AuditorIn vermutet, dass die falsch deklarierten Kosten auf einem Fehler im Kalkulationssystem beruhen. Nur bei einer Anpassung zu Gunsten des Förderungsnehmers ("positive Anpassung") muss dieser von sich aus seine früheren Kostenaufstellungen abändern ("Adjustment") und die entsprechend höheren Kosten deklarieren.
Zusätzlich zur Korrektur können auch Sanktionen verhängt werden.
Die Kommission darf angemessenen Schadensersatz fordern – grober Vertragsbruch kann zusätzliche finanzielle Bußen nach sich ziehen und zum Ausschluss von der Teilnahme am Rahmenprogramm führen.
Daher ist es besonders wichtig, dass TeilnehmerInnen eines EU-Projekts das Augenmerk auf die Erstattungsfähigkeit der Kosten legen, bevor sie diese im Projekt abrechnen. Auch sollte man immer auf ein etwaiges Kommissions-Audit vorbereitet und alle dafür nötigen Daten und Dokumente verfügbar sein.
Die Europäische Kommission hat eine Webseite eingerichtet, die über wiederkehrende Fehler des 6. Rahmenprogramms berichtet. Diese finden Sie unter http://cordis.europa.eu/audit-certification/. Die relevanten Informationen dieser Webseite finden Sie auch auf Deutsch auf den hier folgenden Seiten.