Das spezifische Programm "Zusammenarbeit" unterstützt alle Arten von Forschungsaktivitäten im Rahmen trans-nationaler Kooperationen. Das Spektrum geförderter Aktivitäten reicht dabei von  gemeinschaftlichen Forschungsprojekten (Collaborative Research Projects) und dem Aufbau von Netzwerken bis hin zur Errichtung Europäischer Technologieplattformen und der Koordination nationaler Forschungsprogramme. Ebenfalls eingschlossen ist die internationale Zusammenarbeit mit Nicht-EU-Ländern.

Das Programm ist in 10 verschiedene Themenbereiche unterteilt:

• Gesundheit (6.100 Mio. Euro)
• Lebensmittel, Landwirtschaft und Biotechnologie (1.935 Mio. Euro)
• Informations- und Kommunikationstechnologien (9.050 Mio. Euro)
• Nanowissenschaften und -technologien, Materialien und Produktion (3.475 Mio. Euro)
• Energie (2.350 Mio. Euro)
• Umwelt (inkl. Klimawandel) (1.890 Mio. Euro)
• Verkehr (inkl. Luftfahrt) (4.160 Mio. Euro)
• Wirtschafts-, Sozial- und Geisteswissenschaften (623 Mio. Euro)
• Weltraum (1.430 Mio. Euro)
• Sicherheit (1.400 Mio. Euro)